料理が遅く、出ていない物がありますがお会計して欲しいと言われました。どのように対応すればいいですか？

まずはお客様に謝罪をしましょう。出ていない料理は調理場へ確認して状況をお客様へお伝えし、お客様に判断を委ねましょう。
すぐ出るとしてもお客様が要らないと言われるのであればお会計から削除してお会計しましょう。残ってしまった料理はお持ち帰りできるなら包んでお渡ししましょう。
一番はこんな事にならないようにするのが大事ですので、管轄マネージャーへ報告して改善していきましょう。