お通しで提供した物がお客様の苦手な物やアレルギーの物でした。どうすればいいですか？

こちらが出している物なので、お客様にそぐわない物でしたら他に食べれる商品と交換してあげましょう。
例えば妊婦さんの場合は、刺身などの生物を避けますので気遣い出来るといいですね。
調理場のスタッフに内容を伝えて他の物に変えてもらいましょう。
調理場のスタッフはよりお客様が喜ぶ商品に変えてあげて下さい。